一、儀器開/關機程序
1、開機程序
1.1 打開電腦，進入桌面。
1.2 打開icycler PCR儀器的電源開關（注：該儀器有兩個電源開關，一個控制PCR儀，一個控制光源系統）。
1.3 雙擊桌面上的軟件圖標，點擊“yes",進入軟件的主菜單。
2、關機程序
2.1 保存數據，退出軟件的主菜單。
2.2 關掉電腦，關閉icycler PCR儀器的電源開關。
二、程序文件的設置及打開
1、 實驗程序已預先設定
1.1 點擊軟件左方主目錄中的“Library"，進入該界面后。
1.2 選擇“View Protocol"頁面，根據路徑，找到預存的程序文件。
2、 創建新的程序文件
2.1 點擊軟件左方主目錄中的“Workshop"，進入該界面。
2.2 選擇“Edit Protocol"頁面，輸入相應的溫度、時間、重復的循環數（Repeats），增加或刪除步驟（Cycle和Step），在“Select data collection step（s）"中選擇需要進行熒光收集的步驟。
2.3 完成后，在“Protocol Filename"中輸入程序的文件名，點擊“Save this protocol"。

三、儀器操作程序
1、編輯樣本
1.1 將裝有反應液的PCR反應管放入PCR儀，記錄樣本擺放順序。
1.2 點擊進入軟件左方主目錄的“Workshop"界面，選擇“Edit Plate Setup"頁面。
1.3點擊“Samples：Whole Plate loading"，根據樣本擺放的順序和樣本屬性，選擇相應的圖標（Unknown和Standard），在plate上相應位置作標識，是標準品（Standard）的，在屏幕右下方的“Standard Quantity"中輸入相應濃度。
1.4點擊“Select and load fluorophores"，在“1. or deselect a fluorophore"中選擇熒光標記，在“2.Assign a color"中選擇該標記相對應的顏色，然后在plate上對 1.3所選擇的孔位進行熒光標記。
1.5 完成后，在“Plate Setup Filename："中輸入樣本文件的文件名，點擊“Save this plate setup"。